La multiplicidad de componentes de MEGABÚS requiere una estructura institucional sólida y eficiente para su funcionamiento. En este sentido, representa una combinación de gestión pública y privada que posibilita la operación de todo el sistema. Gestión privada. El sector privado se debe encargar de la ejecución de todas las actividades del sistema, por ejemplo, la operación de los buses, el sistema de recaudo; la ejecución de las obras, etc. Gestión pública. Por su parte, el sector público se encargará de la coordinación, planeación y supervisión general.